法律分析：
机构违反你们最初订立的协议，有以下几种方法可以解决：1、与该机构协商退款，双方做出各自的让步减少诉讼带来的时间还金钱成本上的消耗。2、达不成协议的，你可以向提起诉讼，表明该机构违约给你带了的损失，请求判决该机构退还你的定金或者学费，并且可以要求其赔偿一些违约金。3、你没有了单据，机构退款但是扣钱的行为并不合理，即便是你没有了单据，但是该机构肯定也有你交款的证明，并不能因为你丢失单据而扣钱。
法律依据：
《中华人民共和国民法典》 第五百三十三条 合同成立后，合同的基础条件发生了当事人在订立合同时无法预见的、不属于商业风险的重大变化，继续履行合同对于当事人一方明显不公平的，受不利影响的当事人可以与对方重新协商；在合理期限内协商不成的，当事人可以请求人民或者仲裁机构变更或者解除合同。人民或者仲裁机构应当结合案件的实际情况，根据公平原则变更或者解除合同。
